La Federación Autónoma de Fútbol de Honduras conocida se fundó el 8 de diciembre de 1980 en Tegucigalpa, Honduras. Antes el fútbol de Honduras era manejado a través de la Federación Deportiva Extraescolar de Honduras.

Esta Federación de Fútbol, se fundó a iniciativa del señor Pedro Atala Simón. Durante primer congreso presidido por Enrique Miselen, resultaron electos: Don Pedro Atala Simón como presidente y Daniel Matamoros Carrasco, como secretario general de la Federación Nacional de Fútbol de Honduras.

La Federación Nacional Autónoma de Fútbol de Honduras quedó constituida; mediante el acuerdo 129 emitido por el presidente de la República General Policarpo Paz García a través del Ministerio de Cultura y Turismo basándose en el Decreto Ley del 23 de junio de 1975.

Sin embargo, este ente deportivo fue legal y totalmente reconocido hasta en 1984, cuando el congreso de la República de Honduras aprobó los estatutos y la reconoció como tal; a través del Ministerio de Educación y no, del Ministerio de Cultura y Turismo como estaba contemplado en sus bases estatutarias.

La primera reunión oficial, con el reconocimiento del congreso de la República; se llevó a cabo en 1985 y del mismo, salió electo Carlos Zapata Lobo, proveniente del sector amateur.

Además de Pedro Atala Simón y Carlos Zapata han fungido como presidentes de este ente deoportivo los señores: Jorge Abudoj Frixione, Lisandro Flores Guillén, Roberto Córdova, y actualmente Rafael Leonardo Callejas.